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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  45 lines
  1. *********************************************************
  2. * Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature *
  3. *********************************************************
  4.  
  5. Bacteria  synthesize  a set  of  small,  usually  basic proteins  of  about 90
  6. residues that bind DNA and are known as histone-like proteins [1,2]. The exact
  7. function of  these proteins is not yet clear but they  are capable of wrapping
  8. DNA and   stabilizing   it   from  denaturation  under  extreme  environmental
  9. conditions.  The sequence of a number of different types  of these proteins is
  10. known:
  11.  
  12.  - The HU proteins, which, in Escherichia coli, are a dimer of closely related
  13.    alpha and  beta  chains  and,  in other bacteria, can be dimer of identical
  14.    chains. HU-type  proteins  have  been  found  in  a  variety of eubacteria,
  15.    cyanobacteria and archaebacteria, and are also encoded  in  the chloroplast
  16.    genome of some algae [3].
  17.  - The integration host factor (IHF), a dimer of  closely related chains which
  18.    seem to  function  in genetic recombination as well as in translational and
  19.    transcriptional control [4] in enterobacteria.
  20.  - The bacteriophage sp01 transcription factor 1 (TF1) which selectively binds
  21.    to and inhibits  the  transcription  of hydroxymethyluracil-containing DNA,
  22.    such as sp01 DNA, by RNA polymerase in vitro.
  23.  
  24. As a signature pattern for  this family of proteins,  we use a  twenty residue
  25. sequence which includes three perfectly conserved positions.  According to the
  26. tertiary structure  of  one  of these proteins [5], this pattern spans exactly
  27. the first half of the flexible DNA-binding arm.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [GS]-F-x(2)-[LIVMF]-x(4)-[RKEQA]-x(2)-[RST]-x-[GA]-x-[KN]-
  30.                     P-x-T
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  34.  
  35. [ 1] Drlica K., Rouviere-Yaniv J.
  36.      Microbiol. Rev. 51:301-319(1987).
  37. [ 2] Pettijohn D.E.
  38.      J. Biol. Chem. 263:12793-12796(1988).
  39. [ 3] Wang S., Liu X.-Q.
  40.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:10783-10787(1991).
  41. [ 4] Friedman D.I.
  42.      Cell 55:545-554(1988).
  43. [ 5] Tanaka I., Appelt K., Dijk J., White S.W., Wilson K.S.
  44.      Nature 310:376-381(1984).
  45.